Bazilika svaté Markéty Antiochijské

Břevnovský klášter prošel během staletí své existence mnoha úpravami. Stavebním vývojem do počátku 18. století se v různých souvislostech zabýváme také na jiných místech; zde se soustředíme na barokní kostel sv. Markéty Antiochijské, který je centrem a dominantou břevnovského kláštera a také domovským kostelem břevnovské farnosti.
[Informace o bohoslužbách v bazilice najdete na úvodní stránce v aktualitách.]

Otmar Zinke [opatem 1700–1738] zahájil novostavbu celého kláštera. Již na jaře roku 1701 bylo zahájeno odklízení trosek starého kláštera, ale až 30. května 1708 byl opatem Zinkem za přítomnosti celého konventu položen základní kámen k novému klášteru. Tato dlouhá časová proluka byla zřejmě způsobena stavebními aktivitami v jiných lokalitách. Stavbu nového kláštera i kostela původně navrhl a vedl P. I. Bayer; ten byl na jaře roku 1709 z vedení stavby propuštěn. Na začátku června 1709 uzavřel opat Zinke smlouvu s Kryštofem Dientzenhoferem [1655–1722], kterému od roku 1716 pomáhal syn Kilián Ignác [1689–1751]. Od roku 1722 převzal Kilián Ignác vedení všech staveb břevnovského opatství. [O Dientzenhoferech např. Vilímková, Milada. Stavitelé paláců a chrámů. Praha: Vyšehrad, 1986.]
Stavba nového kostela začala v roce 1710 [základová část již ve 2. polovině roku 1709], a to chrámovou lodí, jak bylo obvyklé – presbytář předcházející stavby sloužil v průběhu stavby jako liturgický prostor, až téměř do konce roku 1712, kdy byl oltář přemístěn do východní části lodi, ta byla poté uzavřena provizorní příčkou a starý presbytář a zvonice byly strženy [na přelomu let 1712/13].
18. prosince 1712, na 4. neděli adventní, byla nová chrámová loď, tehdy již pod střechou, prozatímně požehnána; první mši svatou v ní sloužil břevnovský převor Kryštof Welack. Opat Otmar Zinke sloužil v hotové kostelní lodi první mši svatou 2. února 1713. [Holub 2014, s. 83; srov. Vilímková a Preiss 1989, s. 79.] Roku 1713 přerušila stavbu morová epidemie trvající od srpna do konce listopadu 1713. Stavební práce byly obnoveny až na jaře 1714 – pokračovala stavba presbytáře [základní kámen byl položen až 10. srpna 1714, v průběhu stavby] a věže kostela. 18. září 1715 byl nad východní částí presbytáře umístěn kříž svatého otce Benedikta; tím byla kostelní stavba dokončena zvnějšku.
Pokračovaly vnitřní úpravy – kostel včetně presbytáře byl stavebně dokončen v prosinci 1716. Od roku 1718/1719 maloval Petr Brandl oltářní obrazy; v srpnu 1720 byly postaveny hlavní oltář a kazatelna, v březnu 1721 dvě zpovědnice, 26. července 1721 dokončil malíř Steinfels výmalbu klenby. 31. července 1721 bylo z interiéru kostela odstraněno lešení. [Srov. Holub 2014, s. 83n. Výmalba klenby až po instalaci oltářů byla neobvyklým postupem, zřejmě došlo k časovému nesouladu jednotlivých prací.]
Úpravy interiéru kostela pokračovaly i za Bennona Löbla [opatem 1738–1751] a Fridricha Grundtmanna [opatem 1752–1772]. K projektovaným změnám přistoupily ve čtyřicátých a padesátých letech 18. stol. také nutné opravy klášterních objektů poškozených v průběhu válečných akcí; o událostech, které vedly k posvěcení kostela dne 9. října 1757 píšeme na následující stránce.

K rozsáhlejším opravám a také k zásahu do výzdoby kostela došlo roku 1853, za opata Jana Nepomuka Rottera [opatem 1844–1886]. Malíř Augustin Hübner [1818–1892] opravil, z části přemaloval a částečně doplnil Steinfelsovy nástropní a nástěnné malby. K oltářům na stěnách tehdy přibyly chiaroscurové [světlostínové] postavy apoštolů, výrazně byly přemalovány ornamentální malby na pasech a nad okny. [Tyto dekorace byly později považovány za nový doplněk a při restaurování, které prováděl v letech 1942–1943 Jan Tomášek, byly odstraněny.] Byly také opravovány oltáře a další mobiliář.
V průběhu těžkých let 2. světové války se postupně podařilo opravit téměř celý kostel zvnějšku, zčásti také interiér kostela, došlo i na restaurování některých oltářních obrazů Petra Brandla.

Významným dnem v historii kostela byl 8. duben 1948, kdy papež Pius XII. vydal breve udělující svatomarkétskému kostelu čestný titul bazilika menší – text listiny latinsky a česky ZDE (pdf).

[Ve vztahu k břevnovskému kostelu je třeba rozlišovat tři významy termínu „bazilika“: architektonický, charakterizující stavební styl kostelů doby románské, a církevně právní či liturgický, označující některé význačné kostely. Původní čtyři „baziliky větší“ se nacházejí v Římě, „bazilika menší / basilica minor“ je titul udělovaný obvykle historicky nejvýznamnějším kostelům, často poutním místům v té které zemi. Na pamětní desce, kterou dal zasadit opat Otmar Zinke roku 1715 zvenku nad jihozápadní vchod do kostela (k tomu níže), se rovněž nachází termín „basilica“, a to ve významu obvyklém ve středověké latině, kdy označoval větší či architektonicky honosnější kostel, příp. i některé budovy světské, např. královský palác apod.]

V dubnu 1950 byl břevnovský klášter, stejně jako všechny mužské kláštery v Československu zabaven státem a mniši byli internováni [tzv. Akce K]; v břevnovské farnosti byla ustavena diecézní farní správa. [O tom více na předcházející stránce.]

V letech 1974–1984 [po skončení archeologického průzkumu pod presbytářem kostela] proběhla generální oprava chrámu, další opravy kostela byly uskutečněny po návratu benediktinů na počátku devadesátých let 20. století, v souvislosti s miléniem břevnovského kláštera [1993]. V prvním desetiletí 21. století došlo ke kompletní rekonstrukci varhan v bazilice; od října do prosince 2020 proběhla – s pomocí příspěvků řady soukromých dárců – výměna krokve a prejzů na části střechy kostela.

Zasvěcení kostela

Nejstarší [pravděpodobně dřevěný] břevnovský klášterní kostel byl [roku 993] zasvěcen Panně Marii a svatému Benediktovi. Spolupatrony byli také svatí Bonifatius a Alexius, pravděpodobně na paměť pobytu sv. Vojtěcha v římském klášteře sv. Alexia a Bonifatia na Aventinu. Alexius z Edessy [† asi 434] pocházel z římské senátorské rodiny a v předvečer své svatby odešel do Svaté země. Podle syrské legendy z let 450–475 pobýval 17 let v Edesse a odtud se vrátil do Říma, kde žil dalších 17 let nepoznán pod schody rodného domu, kde ho před smrtí navštívil sám papež. Bonifatius z Tarsu žil podle legendy ve 4. století a zemřel mučednickou smrtí v rozžhaveném kotli plném smůly. Byl pohřben v římských katakombách na Via Latina.
Po roce 1045 byl jako patron kláštera a kostela [kamenná novostavba v románském slohu, za opata Meginharda] ctěn také biskup svatý Vojtěch.
Kdy se ujal název kostela a farnosti „u svaté Markéty“ nelze s jistotou určit. Pravděpodobně už na přelomu 15. a 16. století původní zasvěcení klášterního kostela svatým Benediktovi, Bonifatiovi, Alexiovi a Vojtěchovi pomalu upadalo v zapomnění a stále více se stávalo populárním, zejména díky poutím, zasvěcení svaté Markétě Antiochijské.

Popis kostela

Břevnovský kostel je jednolodní stavba s presbytářem, který je zároveň mnišským chórem – místem společných modliteb benediktinské komunity. Celková délka kostela je 57 m; výška lodě 21,5 m, šířka 20 m, délka 32,5 m; výška chóru 21 m, šířka 13 m a délka 24,5 m. Půdorysné schéma kostela je založeno na průniku za sebou osově seřazených oválných tvarů; tato dispozice se promítá do zvlnění bočních stěn a do řešení klenebního systému, jehož uspořádání je řešeno střídáním klenebních pasů, které fungují jako samostatné klenební útvary mezi dvojicemi pilířů, a mezi těmito pasy umístěných sedlových polí, jejichž tvar je dán průnikem zmíněných navzájem se překrývajících oválů. Úseky mezi pilíři a zaoblenými stěnami jsou zaklenuty menšími sedlovými klenbami. Presbytář je pojat odlišným způsobem. Má rovné stěny a je zaklenut valenou klenbou vynášenou pilastry. Důvodem je umístění dlouhých mnišských lavic podél rovných stěn. [Podrobněji např. Royt aj. 2015, s. 14n.; detailně např. Mádl aj. 2016, s. 103–142.]

Exteriér kostela

Římsy štítů chrámu zdobí sochy sv. Vojtěcha a knížete Boleslava II. [západní štít], a sv. Otmara a sv. Benedikta [jižní štít s hodinami]; všechny sochy jsou dílem Matěje Václava Jäckela.

Západní vchod, původně hlavní, uvnitř s mříží z roku 1986 [návrh Helena a Jiří Soukupovi], s motivem kříže sv. otce Benedikta, je otevírána při svátečních příležitostech. Nad vstupem si můžeme všimnout znaku břevnovského kláštera, s nímž se také setkáváme v interiéru baziliky.

Nad jihozápadním vchodem, kterým se dnes obvykle vchází do kostela, je zvenku umístěna pamětní deska, kterou sem dal zasadit opat Otmar Zinke roku 1715 jako připomínku hrubého dokončení stavby. [Text a překlad např. Holub 2014, s. 157n.]

V jihovýchodní části kostelní lodi je v iluzivním malbě Josefa Hagera z roku 1761, zobrazující [pravděpodobně ideální] podobu gotického kostela, zasazená kopie náhrobní desky svatého Vintíře [originál desky je umístěn v interiéru chrámu].

Nad presbytářem kostela je umístěn zlacený kříž svatého otce Benedikta.

V kostelní věži při severovýchodní straně kostela jsou umístěny tři zvony; o zvonech břevnovského kostela např. Holub 2014, s. 157; Podlaha 1911, s. 20; Břevnovský klášter 1946, s. 24n.; Kybalová 1958, s. 130n.

Interiér kostela

Lodi kostela dominuje šest bočních oltářů s obrazy Petra Brandla a se sochami Matěje Václava Jäckela. Popis zahájíme na jižní straně, budeme postupovat směrem východním k presbytáři.
První oltář na jižní straně lodi je zasvěcen sv. Otmarovi, opatu kláštera v St. Gallen (689/719–759), jenž byl z politických důvodů zbaven úřadu a zemřel ve vězení na rýnském ostrově Werd. Jeho tělo bylo mezi lety 760 a 770 přeneseno do St. Gallen, hrob uctívali řeholníci i příchozí poutníci. Na obraze Petra Brandla z roku 1719 je vyobrazena zázračná událost, která se přihodila při převozu světcova těla: i za bouře neustále hořely pochodně; zároveň vidíme Otmarův atribut, soudek, z kterého zázračně neubývalo vína. Oltář byl svatému Otmarovi zasvěcen na přání opata Otmara Zinka, jenž tak chtěl uctít svého řeholního patrona. Na konzolách [dílna Josefa Ignáce Dobnera] stojí sochy svatých Alexia a Bonifatia, jimž byl původně klášterní kostel zasvěcen [o tom již výše], obě z dílny Matěje Václava Jäckela [závěr roku 1718]. V nástavci oltáře je hořící srdce v trojúhelníku – symbol Nejsvětější Trojice. Autorem iluzivní oltářní architektury byl pravděpodobně Jan Pešina, postavy apoštolů Šimona a Matěje domaloval roku 1853 Augustin Hübner.

Druhý oltář na jižní straně lodi je zasvěcen patriarchovi řádu svatému Benediktovi, jednomu z původních patronů břevnovského klášterního kostela [o tom už výše]. Na obraze Petra Brandla z roku 1719 je vylíčena smrt svatého Benedikta [21. března 547]. Scéna se opírá o text Dialogů sv. Řehoře Velikého. Když Benedikt umíral, měli dva mniši stejný sen, v němž spatřili »cestu koberci pokrytou a nesčíslnými světly ozářenou táhnout se přímým směrem k východu od jeho kláštera až do nebes«. Dále jim bylo zjeveno, že je to cesta, »po níž Benedikt, milý Bohu, vystoupil do nebes«. Obraz doprovázejí sochy prvních Benediktových žáků, svatých Placida a Maura, obě z dílny M. V. Jäckela [1718], konzoly jsou z dílny Josefa Ignáce Dobnera. Oltářní architekturu vytvořil Jan Jakub Stevens ze Steinfelsu [1719]; světlostínové postavy apoštolů Jakuba Většího a Jakuba Menšího jsou dílem Augustina Hübnera z roku 1853. Oltář je završen křížem svatého otce Benedikta.

Třetí oltář na jižní straně lodi skrývá ostatky svatého poustevníka Vintíře. Podle legendy povolal roku 1045 kníže Břetislav k umírajícímu Vintířovi pražského biskupa Šebíře, aby poustevníka zaopatřil svátostmi – tato scéna je vyobrazena na oltářním plátně Petra Brandla z roku 1718. Protože Vintíř nebyl kanonizován a podle liturgických předpisů tridentského koncilu nesměl mít samostatný oltář, objevuje se v nástavci oltáře Brandlovo vyobrazení sázavského poustevníka a později opata, kanonizovaného světce Prokopa, který je zde vyobrazen, jak vítězí nad ďáblem. Autorem iluzivní oltářní architektury byl pravděpodobně Jan Pešina, světlostínové postavy apoštolů Tadeáše a Filipa jsou dílem Augustina Hübnera [1853].

V popředí jižní strany presbytáře se nachází oltář Panny Marie Benediktinských rozkoší [Delitiae benedictinae] z roku 1757. [Vysvěcen byl v samém závěru roku, 31. prosince]. Ve středu oltáře je obraz Panny Marie [malíř neznámý], kopie malby údajně zdobící římský dům rodiny Aniziů [dnes kostel S. Benedetto in Piscinula], z níž podle tradice pocházel svatý Benedikt. V ostatkové schráně je uložena údajná ramenní kost svaté Markéty, titulární světice chrámu. Oltář zdobí sochy sv. Bernarda z Clairvaux a poustevníka Vintíře [nebo sv. Heřmana Krátkého], které vytvořil, spolu s dalšími dekorativními prvky oltáře, Richard Jiří Prachner.

Na jižní straně chóru, vpravo od hlavního oltáře se nachází náhrobní deska sv. Vintíře (13./14. století), zasazená do stěny chrámu. Na vnějšku chrámu je umístěna kopie této desky, jak jsme zmínili výše.

Původní hlavní oltář břevnovského kostela ve středu východního závěru chóru zhotovil v letech 1718 až 1720 Josef Ignác Dobner podle návrhu Kiliána Ignáce Dientzenhofera. V nice je umístěna socha svaté Markéty, již doprovázejí andělé nesoucí eucharistické symboly. V nástavci oltáře je umístěna socha Boha Otce, žehnajícího světici, nad ní se vznáší holubice symbolizující Ducha svatého. Na tabernáklu je Beránek Boží ležící na zapečetěné Knize života. Všechny sochy vznikly v dílně Matěje Václava Jäckela.

 
Ke společným modlitbám mnichů sloužily a dodnes slouží chórové stally [lavice], zhotovené asi podle návrhu Kiliána Ignáce Dientzenhofera truhlářem Janem Sichtmüllerem v roce 1740. Dekorace vytvořil Richard Jiří Prachner, dřevěné sochy jsou starším dílem Jeronýma Kohla [je možné, že původně byly v kostele broumovském]. V letech 1754–1756 byly chórové lavice upraveny podle zadání opata Fridricha Grundtmanna.

Nová oltářní menza je dílem Karla Stádníka [1992]; do ní byla následujícího roku vložena relikvie sv. Vojtěcha, přenesená sem z pražské katedrály.

Nad vchodem do ambitu a sakristie spatřujeme zasklenou oratoř, ozdobenou znakem kláštera. Protože do ní lze vstoupit přímo z prostoru klauzury, sloužila např. nemocným mnichům, kteří se takto mohli účastnit liturgie. Návrh K. I. Dientzenhofer, truhlářské práce Jan Sichtmüller, plastická výzdoba Karel Josef Hiernle.

Na severním rozhraní chóru a lodi je umístěna opatská lavice završenou sochou sv. Vojtěcha [světcův atribut – veslo, kterým byl Vojtěch udeřen pohanským Prusem].

Za opatskou lavicí se nachází oltář s obrazem Setkání sv. Vojtěcha a knížete Boleslava při založení břevnovského kláštera. Obraz namaloval Petr Brandl roku 1718; vidíme zde biskupa Vojtěcha a knížete Boleslava II. u pramene potoka Brusnice. Břevno zde nahradil pařez vyrůstající u pramene. V horní části obrazu přijímá Nejsvětější Trojice na nebesa benediktinské řeholníky. Autorem oltářní architektury byl snad Jan Pešina nebo jde o pozdější dílo Josefa Hagera [cca 1760]; stínové postavy apoštolů zobrazují svaté Petra a Pavla, opět dílo Augustina Hübnera z roku 1853.

V prostoru mezi tímto a následujícím oltářem se nachází barokní kazatelna, dílo truhláře Josefa Ignáce Dobnera z let 1719–20, završená sochou Krista Spasitele, vytvořenou Matějem Václavem Jäcklem.

Prostřední oltář na severní straně souvisí svým zasvěcením s úctou ke svatému Kříži v benediktinském řádu [srov. též Kříž sv. otce Benedikta na protějším oltáři]. Petr Brandl namaloval roku 1719 Ukřižovaného Krista a Bolestnou Pannu Marii s »mečem bolesti« v srdci; obraz doprovázejí sochy biblických svědků Kristova umučení – sv. Jana Evangelisty a sv. Marie Magdalény, obě z dílny M. V. Jäckela [1718], konzoly opět z dílny Josefa Ignáce Dobnera. V nástavci oltáře je zobrazena trnová koruna. Autorem oltářní architektury byl Jan Jakub Stevens ze Steinfelsu, světlostínové postavy apoštolů Tomáše a Bartoloměje domaloval Augustin Hübner v roce 1853.

Poslední oltář na severní straně je zasvěcen hlavnímu českému patronu svatému Václavovi. Na obraze Petra Brandla z roku 1718 je zobrazena scéna Václavova zavraždění ve /Staré/ Boleslavi [28. září roku 929 nebo 935]. Sochy na Dobnerových konzolách představují Benediktovu sestru svatou Scholastiku [480–10. 2. 547] a svatou Gertrudu Velikou z Helfty [† 1302], obě z dílny M. V. Jäckela [1718]. V nástavci oltáře je umístěn vavřínový věnec – jeden ze symbolů mučedníků. Autorem oltářní architektury byl Jan Pešina, postavy apoštolů Jana a Ondřeje domaloval Augustin Hübner [1853].

Nyní jsme se vrátili do západní části chrámové lodi. Zpovědnice po stranách západního vstupu do kostela z let 1719–1720 jsou dílem truhláře J. I. Dobnera, plastickou výzdobu provedl M. V. Jäckel.
Na severní straně podkruchtí je vstup do farní chodby, spojující kostel s klauzurou, a také do nové zpovědní místnosti.

Projdeme-li znovu chrámovou lodí k presbytáři, tentokrát prostředkem mezi lavicemi, můžeme vnímat celkovou architektonickou a výtvarnou kompozici kostela, který je řazen mezi nejzdařilejší díla obou Dientzenhoferů. Přitom nepřehlédneme čtrnáct obrazů křížové cesty pražského malíře Augustina Hübnera [1863], který o deset let dříve doplnil iluzivní architekturu bočních oltářů postavami apoštolů [k tomu výše].

Obrátíme-li pak na rozhraní lodi a presbytáře zrak ke kostelní klenbě, můžeme si postupně prohlédnout nástropní malby – dílo Jana Jakuba Stevense ze Steinfelsu.

Klenbu chóru zdobí Apoteóza [oslava] svatého Benedikta. Malby umístěné po obvodu středového pole klenby poukazují na zásluhy řádu. Postavy reprezentující různé stavy duchovní a světské doprovázejí čísla ukazující, kolik světců z těchto úřadů a stavů bylo členy benediktinského řádu.

Malby v presbytáři a v lodi odděluje vyobrazení papežů Jana XV. [roku 993 potvrdil založení kláštera] a Bonifáce IX. [roku 1392 potvrdil opatovi břevnovského kláštera právo vizitace všech benediktinských klášterů v českých zemích]. Římsa nese znaky kláštera, iniciály opata Otmara Zinka a datum 1719 [zahájení výzdoby presbytáře].

V prvním poli klenby kostelní lodi je malba Sv. Vojtěch a Pět svatých bratří. [Pět svatých bratří – benediktini (kamaldulové), pokračovatelé misijního díla sv. Vojtěcha v Polsku, mučedníci Jan, Benedikt, Matouš, Izák a Kristin († 11. 11. 1003). Jejich ostatky spolu s relikviemi sv. Vojtěcha a Radima přivezl kníže Břetislav I. roku 1039 z Hnězdna do Prahy.]

Mezi prvním a druhým polem klenby jsou nástropní hodiny [cca 1740], které řeholníkům vymezovaly čas chórových modliteb. Hodiny jsou poháněné společným strojem spolu s hodinami umístěnými ve štítu jižního průčelí kostela. Dvě menší pole klenby obsahují vyobrazení knížat Boleslava II., spoluzakladatele a donátora břevnovského kláštera a Břetislava I., zakladatele rajhradského kláštera a podporovatele břevnovského opata Meginharda.

Ve druhém poli klenby se nachází malba s námětem Adorace svatého kříže. Kříž zde uctívají patroni kláštera svatí Alexius, Bonifác a Markéta.

Následuje vyobrazení dalších významných podporovatelů břevnovského kláštera – českých králů Přemysla Otakara I., který roku 1213 daroval břevnovskému klášteru Policko a Broumovsko, a Jana Lucemburského; ten roku 1331 potvrdil klášteru vlastnictví statků.

Ve třetím poli klenby jsou břevnovští světci: Anastáz [první břevnovský opat a poté první ostřihomský arcibiskup], Gaudentius [Radim, bratr sv. Vojtěcha, arcibiskup hnězdenský], Vintíř, Prokop [podle tradice původně břevnovský mnich] a Vojtěch.

Následuje další římsa se znaky kláštera, protějšek výše zmíněného vítězného oblouku. Zde jsou uvedeny iniciály opata Jana Nepomuka Rottera a rok 1853, kdy proběhly opravy interiéru kostela [o tom rovněž výše]. Dále jsou vyobrazeni habsburští panovníci Rudolf II. [podporoval břevnovského opata Wolfganga Selendera] a Ferdinand II. [pomohl s obnovou kláštera po bitvě na Bílé Hoře].

Západní část lodi kostela zakončuje varhanní kruchta, která je také prostorem pro chrámový sbor. Na nástropní malbě jsou zde vyobrazeni čeští zemští patroni svatí Cyril a Metoděj, Václav, Vít, Ludmila, Hedvika a Jan Nepomucký.

O existenci varhan v předcházejících kostelech, které stály na místě stávající barokní baziliky nemáme žádné zprávy. Víme jen, že se roku 1713 platilo varhanáři Tobiasovi Meissnerovi, patrně za úpravu varhan přenesených ze starého kostela. Po několika letech byly tyto varhany odstěhovány a později zanikly.
Nové varhany do svatomarkétské baziliky postavil týž varhanář roku 1725. Tobias Meissner byl varhanář – samouk, a proto překvapuje výtvarně dokonalá a netradiční architektura varhanní skříně, která nemá srovnání s jinými barokními varhanami v českých zemích. Přihlédneme-li k nevarhanářskému způsobu konstrukce (např. natočení všech píšťalových polí ke stěnám kostela, píšťalové etáže s nehrajícími, abnormálně širokými píšťalami, půdorys kruhových výsečí do nichž mají být umístěny obdélníkové vzdušnice, apod.) nemůžeme se ubránit dojmu, že varhanní skříň musel navrhovat někdo, kdo varhanám příliš nerozuměl. Navíc se uvnitř varhan nalezl fragment zápisu, kde si patrně varhanář stěžuje na nedostatek prostoru. Uvážíme-li, že K. I. Dientzenhofer navrhoval pro tento kostel architekturu hlavního oltáře, podle jeho nákresů se malovaly i oltáře na bočních zdech baziliky, nepochybně od něho pochází oratoř v presbytáři kostela, lze tvrdit, že je K. I. Dientzenhofer autorem též varhanní skříně, která rámuje velké západní okno, podobně jako oltářní architektury obepínají velké Brandlovy obrazy. Navíc tvar hlavic pilastrů v kostelní lodi má své tvarové reminiscence i na varhanní skříni. Jedná se o první návrh varhanní skříně tohoto skvělého architekta; tento unikát je o to cennější, že kromě  jednoho pozdějšího pokusu v Polsku realizace dalšího podobného návrhu známa není.
Z důvodu sedání základů a otevření velké praskliny na západní stěně kostela muselo být později velké okno v této stěně zazděno. Kvůli nevábnému průhledu pak byla pod mohutný oblouk spojující obě velké varhanní skříně postavena horní část rokokové skříně z nějakých zrušených varhan, která tu sloužila jako kulisa. Možná při té příležitosti došlo i k rozšíření varhan o rokokový pozitiv v zábradlí kruchty.

Barokní varhany byly v r. 1896 nahrazeny novým nástrojem od firmy J. Schiffnera, která tehdy sídlila v bývalém klášterním pivovaru. Ze starých varhan bylo použito pouze několik píšťal a jelikož se jednalo o rozměrnější konstrukce, musela být celá zadní část varhanní skříně odříznuta a podepřena provizorními kůly. Nové varhany však nebyly příliš spolehlivé a snahy o jejich opravu, případně rozšíření, můžeme sledovat již v roce 1947. V následujících letech vznikla řada návrhů, které se kvůli nedostatku financí neuskutečnily. Největší ranou pro varhany byl v šedesátých letech dvacátého století probíhající archeologický průzkum v kostele při odkrývání románské krypty. Jelikož se stav varhan zhoršil až do kritického stadia, byl osloven jeden varhanář, který v roce 1977 přestavbu zahájil. Práce probíhaly v jeho volném čase a nepokračovaly podle očekávání. Prakticky byla řádně provedena pouze „I. etapa“, kdy součásti ze stávajících varhan, které neměly být dále použity, varhanář rozřezal a zničil. Jelikož ani po deseti letech nebyl vidět na opravovaných varhanách téměř žádný pokrok, došlo k ukončení jeho činnosti. Část finančních prostředků varhanář vrátil a dalším jednáním zabránilo jeho úmrtí.
Po r. 1989 opět započaly snahy o obnovu varhan v bazilice. Byly osloveny i zahraniční firmy, ale vše opět ztroskotalo na finančních prostředcích, které přednostně putovaly do obnovy zchátralého klášterního komplexu. Následující období bylo věnováno průzkumu architektury varhanní skříně a novému návrhu varhan, který by ctil specifiku varhanní skříně. Bylo rozhodnuto, že vše se podřídí původní Dientzenhoferově koncepci. Proto došlo k obnovení západního okna, sejmutí později dodaného středního rokokového dílu a rekonstrukci zadní části varhanní skříně. Po zvukové stránce bylo rozhodnuto, že se nebude jednat o tzv. univerzální nástroj, který stojí na samých kompromisech, ale zvuk se bude blížit barokním varhanám v oblasti Slezska, odkud varhanář T. Meissner pocházel.
Spojení kláves s píšťalami bylo provedeno mechanickou cestou, která se ukázala z provozního hlediska jako nejspolehlivější. Pro popisy jednotlivých rejstříků bylo zvoleno německé názvosloví. Varhany mají 3 manuály a 34 rejstříků. Stavba nových varhan a rekonstrukce varhanní skříně [Varhanářská dílna Kánský-Brachtl], zahájená na konci roku 2004, byla dokončena v roce 2007, díky velkorysé podpoře Městské části Praha 6, Spolku břevnovských živnostníků, Ministerstva kultury ČR a mnoha dalších sponzorů. 30. září 2007 požehnal nový nástroj opat tynieckého kláštera Bernard Sawicki O.S.B.

Literatura (výběr):
Blažíček, O. J., Čeřovský, J., a Poche, E. Klášter v Břevnově. Praha: V. Poláček, 1944, s. 26n. a 38–46.
Břevnovský klášter za okupace a v květnovém povstání. Praha: Benediktinské opatství v Břevnově, 1946, s. 21 a 24n.
Buben, Milan M. Encyklopedie řádů, kongregací a řeholních společností katolické církve v českých zemích. II. díl, II. svazek: Mnišské řády. Praha: Libri, 2004, s. 55.
Čihař, Marek. Nové varhany v bazilice sv. Markéty v Praze-Břevnově. Praha: Spolek břevnovských živnostníků, o.s. & Benediktinské arciopatství sv. Vojtěcha a sv. Markéty, 2008.
Holub, Bonifác. Paměti farnosti u sv. Markéty v Břevnově a blízkého okolí. 1. vyd. 1890. 2. vyd. Praha: Benediktinské arciopatství sv. Vojtěcha a sv. Markéty, 2014, s. 82n.; 151–158.
Horyna, Mojmír. Barokní „znovuzaložení“ benediktinského kláštera v Břevnově. In Zprávy památkové péče LIII, č. 5, 1993, s. 177–185.
Kybalová, Ludmila. Pražské zvony. Praha: NČVU, 1958, s. 130n.
Mádl, Martin, Heisslerová, Radka, Šeferisová-Loudová, Michaela, Vácha, Štěpán, a kol. Barokní nástěnná malba v českých zemích: benediktini I. Praha: Academia, 2016, s. 103–167.
Opasek, Anastáz. Dvanáct zastavení: vzpomínky opata břevnovského kláštera. 4. vyd. Praha: Torst, 2013, s. 178n.
Podlaha, Antonín. Posvátná místa království Českého: dějiny a popsání chrámů, kaplí, posvátných soch, klášterů i jiných pomníků katolické víry a nábožnosti v království Českém. Řada první: arcidiecése pražská V: vikariát libocký. Praha: Dědictví sv. Jana Nepomuckého, 1911, s. 18–20.
Poche, E. Stavební kronika břevnovského kláštera a kostela z let 1701–1721. In Časopis společnosti přátel starožitností českých XLIX–L. Praha: SPS, 1946, s. 159–178.
Royt, Jan, Skřivánek, Anselm, a Koupil, Ondřej. Břevnovský klášter: historie kláštera, průvodce, benediktinský život. 3. vyd. Praha: Benediktinské arciopatství sv. Vojtěcha a sv. Markéty, 2015, s. 14–21.
Vilímková, Milada. Nové archivní doklady ke stavbě kláštera a kostela sv. Markéty v Břevnově. In Umění XXII, 1974, s. 146–152.
Vilímková, Milada, a Preiss, Pavel. Ve znamení břevna a růží: historický, kulturní a umělecký odkaz benediktinského opatství v Břevnově. Praha: Vyšehrad, 1989, s. 79–86, 109–111.
Vlček, Pavel, Sommer, Petr, Foltýn, Dušan, a kol. Encyklopedie českých klášterů. Praha: Libri, 1998, dotisk 2002, s. 602.